Задунайская Сечь и основание Черноморского казачьего войска
Большая часть сечевиков (свыше 9 тыс.) бежала в Османскую империю и осела возле Очакова. Российское правительство пыталось убедить казаков вернуться, но те получили от султана земли в устье Дуная и Днестра и основали в 1775 г. Задунайскую Сечь, существовавшую в 1775— 1828 гг. По своему устройству она копировала Запорожскую Сечь. Казаки получили права владения землями, а также организации промыслов и торговли, за что предоставляли султану 1-тысячный отряд в помощь во время войны. Проблемными стали отношения запорожцев с «некрасовцами» — потомками донских казаков, которые бежали во владения султана в 1708 г. после поражения восстания К. Булавина. Во главе с Игнатием Некрасовым они поселились на Кубани, но под натиском российской армии в 1739 г. переселились в устье Дуная. Здесь две группы казаков постоянно конфликтовали, особенно из-за мест для рыболовных промыслов.
Чрезвычайно обострились отношения между сечевиками и некрасовцами во время российско-турецкой войны 1787—1791 гг. Часть запорожцев покинула Задунайскую Сечь и переселилась в Россию, где из них в 1788 г. было сформировано Войско верных казаков. Для него отводились земли между Южным Бугом и Днестром с административным центром в г. Слободзея. Атаманом был избран Сидор Белый, а после его гибели при осаде Очакова в июне 1788 г. атаманом стал Захарий Чепега. Однако бразды реального управления находились в руках «начальника Малороссии» князя Г. А. Потемкина. В 1790 г. «верные казаки» проявили себя при взятии Измаила, а в 1794 г. — при подавлении восстания Т. Костюшко и штурме Варшавы.
В 1790 г., в связи с переселением «верных казаков» на Черноморскую пограничную линию (сначала на р. Ея, а затем на правый берег Кубани от устья р. Лабы до Азовского моря), Войско верных казаков было переименовано в Черноморское казачье войско. Под таким названием оно существовало до 1860 г., когда было переименовано в Кубанское казацкое войско. В Черноморском казачьем войске сохранялись многие запорожские традиции: выборность старшины, подразделение на курени (их насчитывалось 40). В 1795 г. были введены Правила для управления Черноморским казачьим войском, согласно которым создавались пять округов, которые копировали систему прежних паланок. Кроме того, с 1801 г. существовало разделение на полки (их насчитывалось 20). Быстро росла численность нового казачьего войска: если в 1792 г. насчитывалось до 14,5 тыс. поселенцев, то в 1801 г. их было уже 32,6 тыс.
В 1792 г. по условиям Ясского мира Бессарабия (область между реками Днестр, Прут и Дунай) отходила к России и задунайским сечевикам была выделена местность Катерлец для переноса Сечи в самое устье Дуная. Перед этим, в 1791 г., запорожцы напали на главное поселение некрасовцев с. Дунавцы и изгнали основную их часть из области, пожалованной сечевикам султаном. Некрасовцы (около 5 тыс. чел.) переселились в окрестности г. Энос в Восточной Фракии и на оз. Майнос (Куш) в Западной Армении. Их часть в Добрудже (историческая область в дельте Дуная), в отличие от выходцев из Запорожья, были староверами и враждовали с задунайскими сечевиками. Они быстро сливались с беглыми российскими старообрядцами-липованами. В 1794 г. остатки некрасовцев уничтожили Сечь в Катерлевце, но задунайские казаки основали новую Сечь на Браиловском острове.
Противостояние двух ветвей казацкого населения в устье Дуная продолжалось до 1814 г. В 1812 г. некрасовцы воспользовались амнистией императора Александра I и вернулись в Россию, а их остатки были изгнаны задунайскими казаками в 1814 г. из с. Верхний Дунавец в Анатолию (область в Малой Азии). На территории Верхнего Дунавца была основана последняя Задунайская Сечь, которая существовала до 1828 г., когда большая часть задунайских сечевиков также вернулась в Россию.