Время первой Малороссийской коллегии
Считается, что при И. Скоропадском завершилось государственное развитие Гетманщины и начался быстрый упадок самобытного казацкого строя. В 1709 г. упразднили должности генерального обозного и подскарбия. Генеральная войсковая канцелярия была отодвинута от практического решения важнейших дел, а в 1722 г. у нее были отняты финансовая и судебная функции. После Полтавской битвы И. Скоропадский со старшиной в июле 1709 г. в лагере под Решетиловкой обратились к царю с просьбой об утверждении 14 статей в подтверждение прежних прав и вольностей Гетманщины. В январе 1710 г. последовал царский указ, который в целом подтверждал прежние права, но ввел существенные ограничения: при гетмане учреждался царский министр-резидент (представитель), который совместно с гетманом обязывался удерживать население «в тишине и покорстве»; во время походов все войско, включая гетмана, переходило в ведомство российских генералов; в значимых украинских городах располагались российские гарнизоны; российские воеводы во внутренние дела Гетманщины не вмешивались, кроме как в случае «измены» (под ней тогда понималась любая нелояльность к российскому государю); без ведома резидента гетман не мог распоряжаться урядами, а также жаловать имения.
Резидентом при гетмане в июле 1709 г. Петр I назначил стольника А. П. Измайлова. Последнему предписывалось следить за настроениями и предупреждать измену, для чего в Глухове размещались два пехотных полка. В сентябре 1710 г. А. Измайлова сменил Ф. А. Протасьев, который в 1715 г. инициировал введение нового порядка избрания полковой старшины и сотников: гетман с согласия резидента назначал на уряд из 2—3 лиц, предложенных в полку. После смерти киевского митрополита в 1718 г. было запрещено избирать нового, а с 1722 г. главой церкви в Украине являлся киевский архиепископ, назначавшийся Святейшим Синодом. В 1719 г. царь вынудил гетмана отдать свою дочь замуж за П. А. Толстого, назначенного (первым из числа россиян) нежинским полковником.
Победа в Северной войне подкрепила стремление Петра I к централизации власти. В начале 1722 г. И. Скоропадский отправился в Петербург на официальное празднование победы над шведами и принятие царем императорского титула. Императорским указом от 29 апреля 1722 г. в Глухове учреждалась Малороссийская коллегия из шести офицеров российских полков, расположенных в Украине, и прокурора, которую возглавил президент С. Л. Вельяминов. Новому органу передавались контроль над финансами, а также (официально — для борьбы со злоупотреблениями старшины) разбор жалоб на решения всех органов украинской власти, начиная от сотни и до Генеральной канцелярии и Генерального суда. Такая функция Малороссийской коллегии стала популярной у простого населения, но весьма пугала владельцев имений. С 1722 г. Малороссия переходила в ведомство Сената, что означало превращение ее в обычную провинцию империи.
Фактически отведенный от дел и разбитый болезнями И. Скоропадский вернулся в Глухов и 2 июля 1722 г. умер. Наказным гетманом стал П. Полуботок, которому И. Скоропадский передал «управление» до избрания нового гетмана. Однако Петр I не признал полномочий П. Полуботка, так как, по мнению императора, кроме Б. Хмельницкого и И. Скоропадского, все гетманы были изменниками.
Первым решительным действием Малороссийской коллегии стало введение в Полтаве, Чернигове и других городах комендантов, которые со временем должны были заменить казацких полковников. Вспыхнул острый конфликт между С. Л. Вельяминовым и П. Полуботком из-за полномочий. Глава коллегии обратился к Петру I с запиской из 12 пунктов, где предлагал упразднить прежнее административное устройство Малороссии и просил устранить П. Полуботка. Старшина же во главе с наказным гетманом в сентябре 1723 г. составила в военном лагере на р. Коломак челобитные императору об избрании гетмана и упразднении введенной коллегии. В ноябре Коломакские челобитные статьи были поданы императору и вызвали у того ярость. В итоге Малороссийская коллегия превращалась во властную структуру, когда ни одно решение Генеральной войсковой канцелярии не имело силы без согласия коллегии. Тогда же полки Левобережья перешли в подчинение командующего российскими войсками в Украине М. М. Голицына. Наказной гетман вместе с миргородским полковником Д. Апостолом, генеральным бунчужным Я. Лизогубом и другими видными старшинами были заключены в Петропавловскую крепость, где в декабре 1723 г. П. Полуботок умер.
После 1723 г. вся общественная и хозяйственная жизнь Левобережья перешла в ведомство российских чиновников из Малороссийской коллегии. Большой доход казне принесла ликвидация феодального податного иммунитета старшины, а также монастырей и российских землевладельцев в Украине: государственные доходы в Малороссии выросли в шесть раз.