Церковно-религиозные противоречия в Правобережной Украине
Помимо угнетения в социально-экономической сфере нарастали религиозно-этнические противоречия. Несмотря на то что по условиям «вечного мира» 1686 г. православные в Речи Посполитой находились под протекцией российского монарха, доминирующий в Речи Посполитой польский и преимущественно католический «политический слой» (шляхта) игнорировал права православных. В Правобережной Украине это выразилось в насильственном принуждении крестьян переходить в унию. Усилилось также давление на православное духовенство и горожан. Так, православные мещане не допускались к занятию выборных должностей в городских магистратах, а сеймовое постановление 1699 г. запрещало православным проживание в Каменец-Подольском. Большое значение в правление Яна III Собеского имел переход в унию и деятельность львовского православного епископа Иосифа Шумлянского. Воспитанный при королевском дворе и находившийся в дружеских отношениях с Яном III Собеским, он еще в 1677 г. тайно перешел в унию и стал склонять православный клир и знатных мирян последовать его примеру. В 1700 г. он добился перехода львовского епископства в униатство. Преследованиями епископ вынудил Львовское ставропигиальное братство признать унию в 1708 г., хотя братство подчинилось ему скорее номинально. В 1692 г. перешла в унию Перемышльская православная епархия во главе с Иннокентием Винницким.
Своеобразным бастионом православия оставалась во второй половине XVII в. Луцкая епархия, особенно Почаевский монастырь. Усилиями И. Шумлянского и его сторонников до конца XVII в. свыше 700 церквей и монастырей на Правобережье было занято униатами. В 1725 г. они покорили и монастырь в Почаеве. Еще в 1684 г. был вынужден бежать из Луцка епископ Гедеон Святополк-Четвертинский, который обратился с просьбой о защите православных к левобережному гетману И. Самойловичу и России. В итоге в декабре 1684 г. луцкий епископ был принят под протекцию царского двора, а в июне 1685 г. на соборе в Киеве был избран киевским митрополитом. Согласно «вечному миру» 1686 г., в его ведение передавались все православные епископства Речи Посполитой, а Киевская митрополия переходила из ведения константинопольского в руки московского патриарха.
В 1688 г. после продолжительной борьбы во главе Луцкой епархии был поставлен брат львовского епископа Афанасий Шумлянский. Он поддерживал переход православного духовенства в унию. После его смерти в 1694 г. епископскую кафедру занял Дмитрий Жабокрицкий, в 1702 г. перешедший в унию. Киевский митрополит Варлаам Ясинский очередного ставленника епископа И. Шумлянского не утвердил, пытаясь сохранить епископство за православными. Между тем, еще ранее у него возник конфликт со львовским епископом, который протестовал против поставления В. Ясинского архимандритом Киево-Печерской лавры.
В 1704—1713 гг. присутствие на Волыни и Правобережье войск России и Гетманщины должно было обеспечить возрождение православия в регионе. Но именно в это время все православные епархии в Речи Посполитой, за исключением Могилевской (белорусской), перешли в унию. Ни одного православного епископа в польской части Украины не осталось. Униатские же митрополиты претендовали на ту роль в Речи Посполитой, которую выполняли православные киевские митрополиты. Поэтому они, разместив кафедру в Радомысле, ревниво следили за сохранением своего положения в стране. Переход в униатство не означал для бывшего православного духовенства, что оно не будет подвергаться давлению со стороны господствовавшего в Речи Посполитой католичества. А оно проявлялось в настроениях шляхты, магнатов и части католического духовенства. Например, в 1717 г. анонимный автор памфлета «Проект ликвидации Руси» предлагал убрать «рускую веру» в Украине. Памфлет, видимо, был вызван тем, что некоторые магнаты, владевшие имениями на Киевщине, гарантировали в своих имениях свободу вероисповедания, что было необходимо для колонизации земель.
В этих условиях нарастали процессы латинизации обряда и догматов униатской церкви. Большое значение в развитии униатства в Речи Посполитой имел Замойский собор, проведенный в августе — сентябре 1720 г. Он был созван по инициативе митрополита Льва Кишки, состоявшего в Базилианском ордене. Замойский собор унифицировал богослужебный чин, который во многих деталях уподобился католическому, и закрепил особое положение базилиан в униатской церкви: признал преимущества монахов в занятии епископских кафедр. Несмотря на недоверие народных масс, после церковной реформы в России и подчинения православной церкви обер-прокурору Святейшего Синода позиции униатства укрепились: митрополит Атанасий Шептицкий добился от Папы Римского буллы, запрещавшей переход униатов в католичество. Другой львовский униатский епископ и киевский митрополит Лев Шептицкий приложил немало сил для развития образования на русинском (украинском) языке и укрепления национального характера униатства на западноукраинских землях.