Обособление Левобережья. Гетманство Ивана Брюховецкого
Левобережная часть Украины все более обособлялась от Чигирина. В апреле 1662 г. на Старшинской раде в Козельце Я. Сомко был провозглашен гетманом. Однако И. Брюховецкий, бывший ловкий и лицемерный слуга Б. Хмельницкого, резкой критикой корыстолюбия старшины и лестью привлек на свою сторону «святую», как он ее именовал, чернь. Поддержала его и Москва, видевшая в Я. Сомко и В. Золоторенко сторонников сильной гетманской власти. В Нежине 27—28 июня 1663 г. в присутствии российских войск состоялась Черная рада, где казацкие низы провозгласили гетманом И. Брюховецкого, а Я. Сомко и В. Золоторенко со сторонниками были захвачены и вскоре убиты.
В ноябре 1663 г. в Батурине И. Брюховецкий и Москва подтвердили Переяславские статьи 1654 и 1659 гг., дополненные пятью новыми статьями: российские гарнизоны, расположенные в Украине, должны были на месте получать все необходимое снабжение; украинские купцы не могли вывозить вино и табак в Россию, а хлеб — на Правобережье и в Крым; гетман обязывался возвращать беглых крепостных и др. В сентябре 1665 г. гетман во главе огромного посольства (500 чел.) приехал в Москву, где «бил челом яко государев холоп» и стал боярином. Затем он получил щедрые дары и имения и подписал новые статьи, которые провозглашали украинские земли владением царя. Российские гарнизоны появились во всех значимых городах. Именно российские воеводы стали ведать сбором податей, от которых освобожденными остались лишь казаки, записанные в полки. Так Украина стала ограниченной автономией в составе России, которая уверенно превращалась в империю. Еще 31 декабря 1662 г. для ведения дел на Левобережье и связей с Украиной вообще был создан Малороссийский приказ, подотчетный Посольскому приказу.
Гетман И. Брюховецкий заменил практически всю старшину Левобережья (Гетманщины) своими сторонниками из Запорожья (100 чел. было прислано в каждый полк). Сечь же вновь полностью обособилась от «волости».
Снова обострились отношения с Польшей. В феврале 1663 г. на Левобережье вторглись армия гетмана Правобережья Павла Тетери и татары, а в ноябре сюда вступила коронная армия и армия Великого Княжества Литовского. После захвата ими Кременчуга одновременно последовали универсалы короля Яна II Казимира и П. Тетери, призывавшие украинцев Левобережья в подданство Польши в составе единой Украины. Первоначальный успех похода подорвала украинофобия польского командующего С. Чарнецкого, который вопреки королевским распоряжениям истреблял местное население (лишь в 1664 г. не менее 100 тыс. чел.), а также сопротивление гарнизона Глухова, выдержавшего два штурма (декабрь 1663 г. и февраль 1664 г.). К тому же в феврале 1664 г. вспыхнуло антипольское восстание на Правобережье и последовало наступление сил И. Брюховецкого и россиян. В мае 1664 г. гетманские войска осаждали Чигирин, а в июне — Белую Церковь, однако усиление нового гетмана П. Дорошенко на Правобережье и подготовка к визиту в Москву побудили И. Брюховецкого вернуться на левый берег Днепра.
Реализация Московских статей 1665 г. вызвала возмущение в Гетманщине. В ответ на проведение податной переписи в июне 1666 г. начались массовое «показачивание посполитых» и восстания в южных полках. Недовольство усилило подписание Андрусовского перемирия между Речью Посполитой и Россией (30 января 1667 г.). Оно разделило Украину по Днепру, Киев с ближайшей округой на два года оставался в составе России, а Запорожье объявлялось под совместным управлением. В начале 1668 г. вспыхнуло повсеместное народное восстание. И. Брюховецкий не только присоединился к нему и попытался направить силы восставших против России, но и был принят под протекторат Турции (на тех же условиях, что и князь Трансильвании). Поддержали восстание Слобожанщина и донские казаки. Однако доверия к И. Брюховецкому в Украине не было. Черниговский полковник Демьян Многогрешный в апреле 1668 г. призвал П. Дорошенко на Левобережье. И тот уже в мае переправился через Днепр, начал переговоры с И. Брюховецким, которому предложил сдаться. Попытка последнего в очередной раз заняться интригами закончилась трагично: И. Брюховецкий был убит разъяренными казаками 18 июня в лагере у Опишни на Полтавщине. На некоторое время П. Дорошенко объединил Украину, но из-за восстаний вскоре вынужден был уйти на правый берег, оставив Д. Многогрешного наказным гетманом.