Начало гетманства Ивана Мазепы
Уже 27 июля 1687 г. на раде гетманом избрали Ивана Мазепу (шляхтича по происхождению) и были приняты новые Коломакские договорные статьи Украины и России. Положение простого украинского населения в период утверждения власти очередного гетмана было усугублено климатическими аномалиями: в 1688 и 1690 гг. наблюдалось великое нашествие саранчи, в 1690 г. на р. Самаре начался жестокий мор населения из-за эпидемии чумы, а во второй половине 90-х гг. XVII в. Украину поразил ряд неурожаев, совпавших с активизацией разбоя крымчаков и запорожцев.
Коломакские договорные статьи в основном повторяли условия Конотопских статей 1672 г., за исключением того, что лишь по царскому указу гетман мог поставить на уряды, а старшина лишать гетманства. В целом до 1708 г. И. Мазепа продолжал курс своего предшественника, выявляя уже даже не просто промосковскую ориентацию, но настоящие симпатии. Он не доверял Польше, отрицательно относился к Турции и Крыму. Весной 1689 г. гетман во главе 40-тысячной украинской армии участвовал во втором Крымском походе, который также был неудачным: В. В. Голицын не решился захватить Перекоп. Все усилия союзников оказались напрасными. Гетман решил действовать самостоятельно и для защиты от Крыма и своевольных грабительских вылазок запорожцев на р. Самаре построил Новобогородицкую крепость.
В 1692 г. на Сечи вспыхнуло восстание под предводительством Петра Иваненко (Петрика). В своих претензиях на гетманство Петрик опирался на недовольных запорожцев, посполитых и простых казаков, а также на Крым. Однако он не нашел поддержки в Гетманщине. Уличенный как крымский агент, он в 1696 г. был пойман и казнен казаками.
Во внутренней политике И. Мазепа следовал тому же монархическому курсу, что и его предшественник. При нем институт «бунчуковых товарищей» был дополнен «значковыми» и «значными войсковыми товарищами». При И. Мазепе возросло закрепощение посполитых. Известно, что в начале XVIII в. ему принадлежало 120 тыс. крестьян в Украине и России. И. Мазепа, как и И. Самойлович, поддерживал Киево-Могилянскую академию. Также он проявил себя как просвещенный правитель: основал Черниговский коллегиум, даровал значительные средства на строительство храмов (ему приписывают строительство 26 церквей: церкви Всех Святых в Киево-Печерской лавре, Богоявленского собора в Киеве и др.).