Запорожье и Петр I
Новый виток обострения отношений между Запорожьем и российским правительством произошел в связи с восстанием на Дону под предводительством атамана Кондратия Булавина. Запрет на самостоятельную добычу соли и требование о выдаче беглых нарушали старинные вольности и возмущали казаков. В ноябре 1707 г. К. Булавин приезжал на Сечь и призывал запорожцев к совместному выступлению с недовольным донским казачеством. Как и на Дону, сирома откликнулась на призыв, и до 500 добровольцев примкнуло к восстанию. Казацкая рада разрешила К. Булавину зимовать в Кодаке и набирать себе добровольцев, а также отказалась выдать атамана властям. Однако кошевой атаман Петро Сорочинский, несмотря на то что был откровенным сторонником Крыма, отказался содействовать К. Булавину. Недовольные сечевики избрали на его место К. Гордиенко. Единства в рядах запорожцев не было, и новый кошевой также не стал поддерживать восстание. К. Булавин с отрядом запорожцев попытался уничтожить Новобогородицкую крепость, но не сумел и в июне 1708 г. выступил на Дон.
В целом Запорожье находилось в жесткой оппозиции к гетману И. Мазепе. После его неожиданного перехода на сторону Карла XII Петр I пытался привлечь на свою сторону запорожцев, обещая им сохранить прежние вольности и обвиняя гетмана в нарушении казацких свобод. В феврале 1709 г. в Сечь прибыли стольники с царской грамотой и жалованьем, но именно в этот момент проявилось острое недовольство сечевиков строительством крепостей на их территории. И сечевая рада поддержала переход на сторону шведского короля: вопреки прежним противоречиям, сыграли свою роль письма И. Мазепы, который призывал запорожцев присоединиться к Швеции, указывая, что именно таким образом Украина и Сечь сумеют сохранить свои старые права и вольности.
В марте 1709 г. 8 тыс. запорожцев во главе с кошевым атаманом К. Гордиенко выступили из Сечи и примкнули к Карлу XII у с. Диканька возле Полтавы. При посредничестве И. Мазепы был подписан союзный договор Запорожской Сечи со Швецией, согласно которому король гарантировал прежние права и вольности запорожскому казачеству. Однако оставшиеся в Сечи казаки раскололись и выбрали кошевым атаманом П. Сорочинского. Его избрание должно было содействовать укреплению связей с Крымом и Турцией, в которых и Сечь, и их новый сюзерен (Швеция) стремились найти союзника в борьбе с Россией.
В ответ Петр I в мае 1709 г. издал манифест, в котором обвинил запорожцев в измене, а условиями прощения обозначал для казаков отказ от прежнего образа жизни и поселение на правах посполитых в Гетманщине. Царь решил воспользоваться прежним советом И. Мазепы и уничтожить Запорожскую Сечь. С этой целью из Киева были направлены три драгунских полка во главе с полковником П. Яковлевым. В мае 1709 г. у с. Переволочны на Днепре российская армия разгромила казацкую флотилию с охранявшим ее 2-тысячным отрядом. Этой победой была устранена возможность ухода всего шведско-украинско-запорожского войска за Днепр в случае возможного их отступления от Полтавы.
Осада Сечи началась 7 мая 1709 г., но половодье и упорное сопротивление затянуло ее на неделю, несмотря на наличие у российской армии сильной артиллерии. На помощь осаждавшим пришел глава компанейского (наемного) полка при гетмане И. Мазепе, а затем и при И. Скоропадском Игнат Галаган. Он был близко знаком с запорожскими обычаями и, пользуясь доверием к нему сечевиков, убедил тех сдаться. Запорожцы поверили его клятве и были безоружными (сдавшимся была обещана свобода) беспощадно перебиты. Все сечевые строения и даже зимовники, окружавшие Сечь, были уничтожены, а казацкие знамена и другие реликвии вывезены в Москву (Тарас Шевченко впоследствии прозвал Г. Галагана «поганым»). Вслед за расправой над запорожцами Петр I объявил о переходе земель между реками Орель и Самара к Миргородскому полку. Произошедшее возмутило Крым и Турцию, которые тут же объявили о принятии уцелевших казаков (вместе с И. Мазепой они прибыли в г. Бендеры) под свою протекцию.
После неудачного Прутского похода Петра I в июле 1711 г. был подписан договор, по которому Россия обязывалась разрушить крепости Каменный Затон, Таганрог, Кодак, Новобогородицкую, а также уступала Турции Украину и Запорожье. Формально до 30-х гг. XVIII в. область прежней Запорожской Сечи перешла под контроль Османской империи.
Среди украинской эмиграции в г. Бендеры преобладали запорожские казаки во главе с К. Гордиенко. Несмотря на то что он вместе с избранным гетманом Ф. Орликом составил и подписал Бендерскую конституцию 1710 г., атаман сечевиков выпросил у крымского хана Девлет Гирея II в урочище Алешки (возле современного г. Цюрупинска) место для основания новой Сечи. Алешковская Сечь не была первым казацким образованием на территории, подвластной Крыму. Еще в 1709—1711 гг. в устье р. Каменка (рядом с современным с. Милово в Херсонской области) существовала Каменская Сечь. Но перед Прутским походом 1711 г. российские войска во главе с генералом И. И. Бутурлиным и несколько левобережных казацких полков выбили сечевиков из этой местности.